Po magisterce scholastyk, który pozytywnie przejdzie dotychczasowe próby, posyłany jest na nowo do szkolnej ławy, by zgłębiać tajniki wiedzy teologicznej. Ponieważ Towarzystwo jest międzynarodowe, perspektywa i możliwości są tu bardzo szerokie, tym bardziej, że do charakteru jezuickiej formacji należy, aby jej część odbyć poza granicami ojczystego kraju. Dlatego studia teologii, a ściślej mówiąc, jej pierwszy cykl, można najczęściej odbyć w Warszawie na Papieskim Wydziale Teologicznym Bobolanum, lub za granicą, np. w Rzymie, na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim, w Paryżu na Centre Sevres. Ten etap studiów kończy się uzyskaniem stopnia magistra teologii i przyjęciem święceń diakonatu. Święcenia kapłańskie następują zwykle rok później. Po odbyciu podstawowego kursu teologii scholastyk-diakon może podjąć już pracę duszpasterską lub rozpocząć bezpośrednio drugi cykl studiów teologicznych, zwany również specjalizacją. Studia te mają na celu przygotowanie go do wykonywania określonej pracy, która wcześniej rozeznawana jest z przełożonym. Charakter specjalizacji ma szeroki zakres i może wychodzić poza ramy samej teologii. Podobnie jak wcześniej studia mogą odbywać się w kraju lub poza granicami. Zakończenie formacji intelektualnej wieńczy długoletni proces formacji podstawowej, której owocem jest jezuita gotowy do podjęcia wszelkiego rodzaju prac.